一、原理不同
零税率代表有纳税义务，只由于税率是“零”，计算出的应纳税额是零。
免税是指免除了纳税义务。
两者有重要的差别。两种方法看似都是对某些纳税人或征税对象给予鼓励、扶持或照顾的特殊规定。由于增值税有一个链条的原则，免税对于一般纳税人因为不征收销项税额，进项税额不可抵扣应该转出。免税开票时只能开具增值税普通发票，对购买方来说不能取得专票从而不能抵扣，导致增值税抵扣链条中断。
而零税率，增值税链条并没有断，是不必要进行进项转出，为了生产零税率而购入的产品或服务等的进项是可以抵扣的。增值税零税率不仅是本交易环节(或流通环节)的增值额部分不用缴纳增值税，以前各交易环节(或流通环节)的累积增值额也不用缴纳增值税，具体通过允许免抵或免抵退进项税额来实现。
零税率比免税还优惠。
二、适用范围不同
增值税零税率仅仅适用于境内单
位和个人发生的跨境应税行为，而增值税免税政策不限于跨境应税行为，也适用于境内发生的应税行为。
零税率是增值税税率的一种，增值税零税率政策仅适用于一般纳税人，不适用于小规模纳税人。增值税免税政策适用于一般纳税人和小规模纳税人。
三、税收管理要求不同
零税率是增值税税率的一种，只要符合税法规定，就可以适用增值税零税率，并按月向主管退税的税务机关申报办理增值税退(免)税手续。
增值税免税是一项税收优惠政策，一般需报税务机关备案。
