员工任职与企业，企业需要向员工支付工资薪金，并为其代扣代缴个人所得税；工资薪金支出属于企业的成本费用开支，在企业所得税税前扣除。实务中，工资薪金支出不规范，也会存在一定的涉税风险。
1、人员是否真实，有无虚列人员
工资薪金支出，无需发票，凭内部自制工资单即可在企业所得税前列支扣除，这就给某些蓄意偷逃企业所得税的公司一定的启发，虚列人头，账务上按照虚列人头数计提工资，提高成本费用，降低企业所得税应纳税所得额，达到少缴企业所得税的目的。
这种操作方式风险极高，一是虚列人头，就需要为其申报个税，缴纳社保，大数据比对下，极容易被发现。
2、工资是否合理
合理的工资薪金支出，可以在企业所得税税前全额扣除，一般认为企业账面计提，且实际发放的工资，就属于合理的工资。为了降低税务风险，企业需要留存相关资料，包括工资制度，通过公户实际发放的支付凭证等，切忌长期计提而不发放。老板筹划个税，从公司领取工资薪金的，工资要参考同行业同类岗位的工资，不建议相差太多。
3、是否申报个税
公司有为员工代扣代缴个人所得税的义务，员工工资低于起征点，实际扣缴税款为0，也需要正常申报，做到全员全额扣缴申报。
4、工资个税计算是否正确
公司预扣预缴个税时，采用累计预扣预缴法，某月份预扣预缴税款=累计预扣预缴应纳税所得额×预扣率-速算扣除数，其中，累计预扣预缴应纳税所得额=当年在本单位任职期间累计工资收入-累计减除费用-累计专项扣除-累计专项附加扣除-累计其他依法扣除项目。员工提供可以享受专项附加扣除资料，单位有义务在预扣预缴个税时，从应纳税所得额中扣除专项附加扣除。
个税申报的工资，需要与社保申报的工资以及企业所得税税前扣除的工资一致，金税系统下，三者不一致，会被预警。
以现金方式同工资一并发放的各种补贴，比如交通补贴、住房补贴、通讯补贴等需要并入工资薪金缴纳个人所得税。
缴纳企业年金、职业年金、商业健康保险以及税收递延型商业养老保险的企业和员工，注意有扣除限额的规定，超过限额部分不得在计算应纳税所得额时扣除，以企业年金为例，个人根据国家有关政策规定缴付的年金个人缴费部分，在不超过本人缴费工资计税基数的4%标准被部分，准予从应纳税所得额中扣除，超过的部分不得扣除。
5、员工是否存在两处工资薪金所得
员工存在两处以上工资薪金所得，在次年3月1日至6月30日需要办理综合所得汇算清缴，且预缴税款时，可以享受的专项附加扣除仅可在一处扣除。
6、是否存在已离职人员未删除的情况
离职人员信息未删除，账面上依然计提工资，并在企业所得税税前扣除，属于虚列人员，申报个税，离职人员若已经在其他单位任职，则会出现两处以上任职的情况，现阶段，居民个人税务意识增强，在个税APP上一查，就会查到个人申报工资情况；离职员工不管是举报，还是要求公司按申报工资支付工资都会给企业带来一定的损失和风险。
7、适用税目是否正确
企业是否存在将劳务报酬所得按照工资薪金所得申报的情况，比如在校大学生实习，由于与本单位没有建立实质任职受雇关系，需要按照劳务报酬所得为其申报个税；再比如企业进行员工股权激励计划，包括股票期权，股票增值权，限制性股票，股权奖励等股权激励，净收入应作为“工资薪金所得”计缴个人所得税，在2022年12月31日之前，可以不并入综合所得，单独适用综合所得税率表。
8、年终奖计税方式是否正确
目前2022年年终奖还是既可以选择单独计税方式，也可以选择综合计税方式（并入综合所得），两种计税方式下，适用的群体会有所差异，选择不对，会导致多交税。
9、找票、替票冲抵工资
为了降低工资个税，某些企业存在让员工提供发票，账面不做工资，达到降低社保缴费基数以及少交个税的目的，金税系统大数据比对下，风险很高，不仅涉及偷逃税款，还会涉及虚开发票。
10、通过现金方式，或老板私户发工资
特别是有一定规模的企业，一定用公户发放工资，支付凭证，银行回单可以作为工资实际发放的证据。