微生物菌种作为肥料添加有几十种，每一种的功能都各有特性。一般常用的有枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌等。
其中巨大芽孢杆菌是一种有机磷的分解菌。可以用来生产解磷固钾肥，具有很好地降解土壤中有机磷的功效，可以提高并延长肥效，促进农作物生长，预防病害，改良土壤，恢复生态平衡的作用。巨大芽孢杆菌耐高温，长期保存不失活。简言之，就是解磷（磷细菌）
而枯草芽孢杆菌是相对应用Zui普遍的一种：它能够分泌大量活性物质，包括枯草菌素、多念菌素、制霉菌素、短杆菌肽等，这些物质对致病菌或内源性感染的条件致病菌有明显的抑制作用，对果蔬有明显的促生和抗病功能，能够产生多种抗生素，对多种病原菌有明显的抑制作用，施入土壤后能快速建立菌群，使土壤微生物环境更丰富，改善土壤环境。简言之，就是可以促进作物生长和增加作物抗逆能力。
生物菌肥中菌名称及作用
一、枯草芽孢杆菌：增加作物抗逆性、固氮。
二、巨大芽孢杆菌：解磷(磷细菌)，具有很好的降解土壤中有机磷的功效。
三、胶冻样芽孢杆菌：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
四、地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌，
五、苏云金芽孢杆菌：杀虫(包括根结线虫)，对等节肢动物有特异性的毒杀活性。
六、侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属，
七、胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
八、泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
九、菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力。
十、棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
十一、光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力。
十二、凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。
十三、米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。
十四、淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫Zui有前途的生防制剂。