1.1统计的难点
①部分申报企业特别是中小型企业的管理层，在对整个企业的生产、经营进行管理的同时，往往也参与研究开发工作，如何将其薪酬计入研究开发活动没有明确规定。
②有些研究开发项目的研究开发活动涉及多个部门，甚至多个企业，在这种情况下人员人工的归集和分配也比较困难。
③有不少申报企业为了达到增加研究开发费用总额的目的，将研究开发项目立项书中未列示的管理人员（包括业主）、生产人员的薪酬计入研究开发人员人工。
1.2应对措施
①重点检查应付工资、管理费用明细账，全年各月份工资表，全年个人所得税申报表，劳动合同、教育背景（必要时通过检查学历证明，以确定研发人员是否具备相关专业背景）、工作经验和参加社会保险等资料，结合研究开发部门人员名单，确定研发人员的工资费用是否真实，计算是否准确。
②对受雇的研发人员，需取得累计实际工作时间在183天以上的证据。
③对企业存在多个研究开发项目的，按实际参与的项目进行归集。若研发人员同时参与两个或两个以上项目，应按统计的工作量进行分摊。如申报企业因不能准确地对工作量进行统计而常采用其他方法进行分摊，应检查其分摊的合理性。
