1、蜂蜜中微生物的检测
花粉、蜜蜂的消化残渣、尘埃、空气、水源、花、蜜蜂以及贮藏运输均有可能导致蜂蜜中微生物的污染，蜂蜜中存在的有些微生物能导致其，有的甚至人食用后会中毒。而常规的微生物消毒方法难以保证不破坏蜂蜜有效成分。
蜂蜜中的主要微生物是酵母和芽孢杆菌，另一类污染微生物是肉毒杆菌，被检测到的频率非常低，但对人类健康影响Zui严重，其产生的外毒素毒性较强，婴儿食用感染肉毒杆菌的蜂蜜或其他食物后，极易引起感染性中毒，表现为、吮乳无力、吞咽困难，眼睑下垂，全身肌张力减退，严重者因呼吸肌麻痹而造成婴儿猝死，常见于1岁以下儿童，因此在美国和英国的蜂蜜产品标签上提示1岁以下婴儿忌用。目前我国也制定了强制性的蜂蜜卫生标准(GB14963-2011)。
2、蜂蜜中抗生素残留的检测
我国养蜂业在防止蜜蜂幼虫腐臭等细菌害时，因超标使用抗生素类药物或使用不当均可造成蜂产品抗生素残留超标。作为花粉来源的农作物常被喷洒农药，蜜蜂采集了农作物上携带农药残留的花粉和花蜜，将其携带到蜂箱，从而也会造成蜂蜜中抗生素的残留。
蜂蜜中常见的残留抗生素种类有、四环素类、类、氨基糖苷类、硝基呋喃类等这些残留抗生素进入人体后，均可对人体产生严重的毒副作用。
3、蜂蜜中重金属的检测
蜂产品中主要进行的重金属检测包括:铅、汞、隔、砷、铁、锌、铜。
4、污染物限量
污染物限量应符合GB 2762 的规定。
5、兽药残留限量和农药残留限量
目前，市场上蜂蜜存在的质量安全问题主要体现在农兽药残留和掺假两个方面。国内消费者关心的多是后者，其实现在国外进口商更关注的是蜂蜜的农药残留等指标。据了解，蜜蜂散养户无法对进行控制，蜜蜂很可能采到喷了大量农药的花。
国标规定兽药残留限量应符合相关标准的规定;农药残留限量应符合GB2763及相关规定。
6、蜂蜜中添加剂检测
主要的蜂蜜添加剂有甜味剂和防腐剂，包括安赛蜜、糖精钠、苯甲酸、山梨酸、对羟基苯甲酸甲酯、对羟基被甲酸乙酯、对羟基被甲酸丙酯、对羟基苯甲酸正丁酯等。
还有一些增稠剂的添加，比如含铵盐化肥、往蜂蜜中渗入铵盐是为了提高浓度，并使蜂蜜清澈透明。细心品尝可以感觉到异味。
还有一些蜂蜜中添加明矾、尿素、雷公藤碱、羟甲基纤维素钠等有害物质。
根据食品安全标准蜂蜜中柠檬酸的添加应符合 GB/T 8269 规定;诱惑红的添加应符合 GB 17511.1的规定;食用香精的添加应符合 GB/T 1505的规定;山梨酸钾的添加应符合 QBQ 13736 的规定;卡拉胶的添加应符合 GB15044的规定、麦芽糖、果葡糖浆、可可粉应符合相应安全标准或有关规定。