对合同金额的审核
主要关注合同金额是否匹配相应的资源项目，并控制在相应的项目额度内，超出部分是否执行了相应的审批程序；合同正文中的金额信息计算是否准确，是否与合同附件资料一致，大小写金额是否相同；对于框架合同要留意框架合同金额是否合理，是否设置金额上限等。
对结算条款的审核
主要关注合同结算条款是否符合企业信用管理规定，特别是对于预付款项、付款进度、验收款的管理要求，比如有企业规定对于设备类、物资类采购原则上不进行预付款，并按执行进度分批次支付货款，具体支付比例依据合作商信用等级确定。确有特殊情况需要支付预付款项的，应经过管理层特殊审批后方可进行。合同结算方式(如银行转账、银行票据、现金交易等)是否符合企业相关规定。如企业明确规定应采用银行转账等电子结算方式的，不得规定通过现金方式进行结算。除总分公司、委托第三方收款等情形外，合同正文中涉及的收款方的账户名称应与合同签订方的名称一致。
对于涉及增值税业务的票据，应标明开具增值税专票或者普通发票，以及包含的税率；
合同中未明确约定发票类型的，应通过“乙方须提供符合税法规定、以甲方财务要求的正规税务发票”等模糊方式进行。
要特别注意行政事业收据的使用范围。企业与行政事业单位合作的业务事项，合作内容是行政事业单位职责范围内的业务，则对方可以提供行政事业单位专用收据报账；
合作内容为超出政府行政事业单位职责范围的广告、宣传、培训等经营性业务，则对方应提供符合税法要求的正规税控发票。
对租赁类合同，需判断租赁形式是否符合企业资产管理规范，比如某些企业规定未经批准不得进行任何形式的融资性租赁；对于涉及企业市场竞争的核心设备，不得采用租赁的方式获得资产；对经营性租赁方式在经济上应具备可行性。
关联交易类合同应审核是否涉及关联交易，关联交易的额度是否符合企业规定；属于关联交易的，合同金额是否在年度剩余关联交易额度以内。捐赠、赞助类合同应重点审核交易的涉税事项。按照企业所得税扣除要求，非广告性赞助支出、非公益性捐赠不得在企业所得税前进行扣除。
涉及押金或保证金条款的合同，应审核押金或保证金收据的开具方式。
对印花税的处理
除以上审核内容以外，企业合同财务审核人员一般还负责合同印花税的计算工作。根据合同业务性质、合同类型，选择相应的印花税税目。对于一些特殊项目，还需要出具审核意见，比如对于租赁合同，在合同审批意见中加入“经审核，该合同为经营租赁合同”等。