生产的微生物一般菌种特定，对人体无害，而有害微生物种类较多，危害较大，易引发食品安全事件，由微生物引发的食品安全问题占总量的40%，因此我们在日常工作中应主要检测食品中有害微生物， 以保证食品安全。
检测人员进入无菌室进行检测工作之前必须做好前期准备工作，必须用消毒液或肥皂洗手消毒，然后在缓冲间更换无菌服、鞋，佩戴帽子、口罩、手套（或70%乙醇多次擦拭双手），避免对样品造成污染。
食品微生物的检验工作对无菌室的环境要求严格， 进行微生物检验工作的无菌室必须定期进行严格消毒，杀灭无菌室中的微生物。因为食品中微生物的检测项目大多在微生物实验室中，所以，对微生物实验室环境的控制非常重要。食品中常规的微生物：
常规微生物： 菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母等
致病菌：沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌等）
生物毒素：黄曲霉毒素、赭曲霉毒素A、展青霉素、脱氧雪腐镰刀菌烯醇、玉米赤霉烯酮等
食品中微生物的检测是保障食品安全的重要环节，随着科技发展，检测技术的发展变化，食品微生物检测工作对检测人员提出了更高要求。
一，需要检测人员不断学习新的检测标准和方法，提高检测的准度和精度；
二，检测过程中使用的仪器设备、化学试剂和不断变异的微生物对检测人员的身体健康造成危害，需要检测人员增强安全意识，严格遵守实验室的各项规章制度，做好个人防护，定期对无菌室进行消毒，妥善处理检测完毕的样品。