股权代持协议是合法的，Zui高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定(三)第二十五条有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。
前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。
股权代持的风险
1、关于股权比例的约定。公司的股权在未来存在多种变化的可能性，比如：代持股权的比例并非一成不变，公司未来的增资扩股将导致股权比例的稀释，则实际出资人的利益将很难得到保障。
2、实际出资人难以确立股东身份的风险。司法解释肯定了股权代持协议的效力，投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东(代持人)主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。根据公司法解释，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向法院请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。
3、名义股东侵害实际出资人利益的风险。在一般的股权代持关系中，实际出资人在幕后，名义股东则在台前代为行使股东权利，面对各种诱惑，很可能出现名义股东侵害实际出资人利益的情形。比如：名义股东不向实际投资人转交资产收益，滥用股东权利(重大决策事项未经协商)，擅自处置股权(转让、质押)等等。
4、名义股东的风险。比如：当实际投资人未履行出资义务时，若债权人追索，则名义股东需要在承诺的出资范围内承担补缴出资的义务，而不能以其不是实际投资人为由拒绝承担责任。
5、未来股权转让的税务风险。当然，如果实际出资人和名义股东各司其职良好合作，以上风险也许都能避免。代持协议还有一个绕不开的问题——即未来股权转让的税务风险。
有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，可以约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东。实际出资人有难以确立股东身份的风险。
