标准规定检测项目共27项，其中农田灌溉用水水质检测基本项目16项，选测项目11项。与《农田灌溉水质标准》（GB5084-92）相比，删除了凯氏氮、总磷两项指标，修订了五日生化需氧量、化学需氧量、悬浮物、氯化物、总镉、总铅、总铜、粪大肠菌群数和蝈虫卵数等9项指标。
农田灌溉用水水质常规检测项目
生化需氧量（BOD5）、化学需氧量（CODCr）、悬浮物、阴离子表面活性剂、水温、pH值、全盐量、氯化物、硫化物、总汞、总镉、总砷、铬（六价）、总铅、粪大肠菌群数、蛔虫卵数等。
农田灌溉用水水质检测分析方法
1、农田灌溉用水水质基本控制项目，监测项目的布点监测频率应符合《农用水源环境质量监测技术规范》（NY/T396-2000）的要求。
2、农田灌溉用水水质选择性控制项目，由地方主管部门根据当地农业水源的来源和可能的污染物种类选择相应的控制项目，所选择的控制项目监测布点和频率应符合《农用水源环境质量监测技术规范》（NY/T396-2000）要求。
注：本标准不能满足当地环境保护需求或农业生产需求时，省、直辖市、自治区人民可以进行相应的补充。本标准中规定的项目或制定严于本标准的相关项目，作为地方补充标准，并向环境保护部门进行备案。