对一个企业来讲，新成立的小规模企业，特别是正在创业、业务简单的企业，通常没有多余的精力和财力进行财务招聘。在这种情况下，代理记账就应运而生了。代理记账中存在的问题也就随之而来了。那么问题有哪些，又有何对策呢。
1.政府立法监督和政府扶持不够
政府立法监督和扶持力度不够，给公司发展带来一定影响。代理记账作为服务业的新兴行业，在其成长的重要时期，迫切需要政府大力扶持。有关部门对代理记账业务重视不够，缺乏立法监督和政策引导。专门针对代理记账的法律法规很少。新的《代理记账管理办法》实施更加合理，并且有更多对代理记账有利的规定，但还有不尽完善的地方。解决办法就是：政府要充分发挥职能，积极做好政策引导并加大执法监督力度。
2.代理记账行业中受托人与委托人的法律地位不明确
在代理记账法律关系中，受托人的法律地位问题，应该说一直没有得到彻底的解决，实践中争议很大，这给代理公司带来很多弊端，它涉及派生的具体问题同样很多。如受托代理记账的会计人员是否等同于单位内部会计人员，是否必须履行会计监督职能？如果受托人明知委托人提供的原始凭证虚假或有其他违法、舞弊行为，那么受托人是否应当拒绝接受有关凭证，是否应当终止委托合同？一旦代理记账后对外提供的财务会计报告出现虚假问题，责任由谁来承担等等。这些问题都亟需相关机构来加以明确和界定。解决办法就是公司应尽快明确在代理记账过程中受托人的法律地位，因为受托代理记账人员既非委托人内部会计人员，也不是财务会计报告的审计人员，受托代理人不应当履行会计监督职能和审计职能。
3.代理记账机构内部管理还欠缺规范和明确的制度管理
代理记账机构必须要有健全的代理记账业务规范和财务会计管理制度。业务规范一般应包括从业人员执业道德规范、业务操作流程、业务质量控制规范等制度；而内部管理制度应包括财务管理制度、会计核算办法、单位内部控制、业务档案管理等制度。企业在实际执行中还是存在一些操作不规范、内部管理制度不健全现象，看似代理记账机构的部分内部管理制度制定也是形同虚设。解决办法是公司内部应加强日常监督机制和规范制度。需要加强日常监管不仅仅是加大人力物力投入的问题，更主要的应该是尽快制定详细的日常监管细则，规定一个具有指导性的规章制度，这个制度要真正的实施起来，不能形同虚设，强化日常监管，强化淘汰机制。加强代理记账机构经营方式灵活，既可服务，又可定期定点服务。
