传统的有机肥的积制和使用也很不方便。人畜禽粪便、垃圾等有机废物又是一类脏、烂、臭物质，其中含有许多病原微生物，或混入某些毒物，是重要的污染源，尤其值得注意的是，随着现代畜牧业的发展，饲料添加剂应用越来越广泛，饲料添加剂往往含有一定量的重金属，这些重金属随畜粪便排出，会严重污染环境，影响人的身体健康。
1、人粪尿：1吨人粪尿相当于硫酸铵25-40公斤，过磷酸钙13-25公斤，硫酸钾4-6公斤。氮、磷、钾的含量约为7-4-3。
2、猪粪：1吨猪粪尿相当于硫酸铵17公斤，过磷酸钙21公斤，硫酸钾10公斤。氮、磷、钾的含量约为4-4-5。
3、牛粪：1吨牛粪相当于硫酸铵17公斤，过磷酸钙16公斤，硫酸钾3公斤。氮、磷、钾的含量约为4-3-2。
4、马粪：1吨马粪相当于硫酸铵28公斤，过磷酸钙19公斤，硫酸钾5公斤。氮、磷、钾的含量约为6-4-3。
5、羊粪：1吨羊粪相当于硫酸铵33公斤，过磷酸钙31公斤，硫酸钾5公斤。氮、磷、钾的含量约为7-6-
6、鸡粪：1吨鸡粪相当于硫酸铵55-82公斤，过磷酸钙88-96公斤，硫酸钾12-17公斤。氮、磷、钾的含量约为14-18-7。
7、兔粪：1吨兔粪相当于硫酸铵86公斤，过磷酸钙48公斤，硫酸钾-20公斤。氮、磷、钾的含量约为18-10-10。
检测指标
各有效活菌数、有机质含量、氮磷钾养分含量、水分含量、其它产品质量标准规定的物质含量（如腐殖酸、微量元素等）
生物肥，采用有机肥料与无机肥料相配合，并伴有多种微生物或高能化合物的的面市，很受农民欢迎，效应比较明显，一是能改良土壤理化性状，增强保水、保肥性能，提高持续供肥能力；二是能显著抑制棉花、瓜类的枯萎病和水稻纹枯病等病害，增强抗逆。
(1)有机肥料含有大量的有机质，具有明显的改土培肥作用；化学肥料只能提供作物无机养分，长期施用会对土壤造成不良影响，使土壤“越种越馋”。
(2)有机肥料含有多种养分，所含养分全面平衡；而化肥所含养分种类单一，长期施用容易造成土壤和食品中的养分不平衡。
(3)有机肥料养分含量低，需要大量施用，而化学肥料养分含量高，施用量少。
(4)有机肥料肥效时间长；化学肥料肥效期短而猛，容易造成养分流失，污染环境。
(5)有机肥料来源于自然，肥料中没有任何化学合成物质，长期施用可以改善农产品品质；化学肥料属纯化学合成物质，施用不当能降低农产品品质。
(6)有机肥料在生产加工过程中，只要经过充分的腐熟处理，施用后便可提高作物的抗旱、抗病、抗虫能力，减少农药的使用量；长期施用化肥，由于降低了植物的免疫力，往往需要大量的化学农药维持作物生长，容易造成食品中有害物质增加。
(7)有机肥料中含有大量的有益微生物，可以促进土壤中的生物转化过程，有利于土壤肥力的不断提高；长期大量施用化学肥料可抑制土壤微生物的活动，导致土壤的自动调节能力下降。