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有一些有机氟化物是剧毒的，包括部分有机磷酸酯如沙林(甲氟磷酸异丙酯)和二异丙基氟磷酸。它们可在肌神经接合点与胆碱酯酶反应，并阻止神经刺激向肌肉传递。抑制剂中反应性强的F-P键是丝氨酸活性中心残基亲核进攻的位点，反应后F-离子离去，酶则失活。
聚四氟乙烯是化学惰性且无毒 的，但在炊具温度超过260°C后就会变性，并且在350 °C以上分解。这些降解产物可能对鸟类是致命的，也有可能在人类中导致类似流感的症状。脂肪、油和黄油在200°C以上烧焦变质，而对于肉则是在200-230 °C之间。
在一份1959年（在美国食品药品监督管理局通过食物加工器材使用之前）的研究中，表明使用普通油时，有涂层的锅干热时放出的烟较普通锅放出的毒性要小。
