通常食品厂洁净车间可大致分为三个区域：一般作业区、准清洁区、清洁作业区。
1.一般作业区（非清洁区）：一般的原料、成品、工具储存区域，包装成品转运区域等原料、成品裸露风险较低的区域，如外包装室、原辅料仓库、包装材料仓库、外包装车间、成品仓库等。
2.准清洁区：要求次之，如原料处理、包材处理、包装、缓冲间（拆包间）、一般生产加工间、非即食食品的内包装间等成品处理但不直接裸露的区域。
3.清洁作业区：指卫生环境要求高，人员、环境要求较高，必须经过消毒和更衣才可以进入，如：原料、成品裸露的处理区域，食品的冷加工间、即食食品的冷却间、待包装即食食品的储存间、即食食品的内包装间等。
建有洁净车间的食品工厂在选址、设计、布局、建设和改造时应大限度避免污染源、交叉污染、混料和差错的发生。厂区环境整洁、人流和物流走向合理。
应有适当门禁措施，防止未经批准人员的进入。保存建设和施工的竣工资料，生产过程中发生空气污染较为严重的建筑，应建设在厂区常年多风向的下风侧。
相互有影响的生产工艺，不宜设在同一建筑物内时，各自生产区域之间应有有效的隔断措施。生产发酵产品应具备专用发酵车间。
三、食品厂洁净生产区的要求
有无菌要求但不能够实行灭菌的工艺和虽能实现灭菌，但灭菌后无菌操作的工艺，应在洁净生产区内进行。
有良好卫生生产环境要求的洁净生产区，应包括易腐性食品、即食半成品或成品的冷却或包装前的存放、处理场所，不能灭菌的原料前处理、产品封罐、成型场所，产品灭菌后的暴露环境，内包装材料准备区域和内包装间，以及为食品生产、改进食品特性或保存性的加工处理场所和检验室等。
洁净生产区应生产流程及相应洁净用房等级要求合理布局。生产线布局不应造成往返交叉和不连续。
生产区内相互联系的不同车间之间应符合品种和工艺的需要，必要时应有缓冲室等防止交叉污染的措施，缓冲室面积不应小于3平方米。
原料前处理不得与成品生产使用同一洁净区域。
生产车间内划出与生产规模相适应的面积和空间作为物料、中间产品、待验品和成品的暂存区，并应严防交叉、混淆和污染。
检验室宜独立设置，对其排气和排水应有妥善处理措施。对产品的检验过程有空气洁净要求的，应设洁净工作台。